Kebumen tempo dulu (saat masih bernama Panjer) sangat erat dengan dinamika kerajaan Mataram Islam. Dua dinasti atau trah besar yang paling mendominasi sejarah kepemimpinan di Kebumen adalah Trah Kolopaking dan Trah Arungbinang.
Berikut adalah bagan dan penjelasan hubungan kekerabatan para tokoh leluhur Kebumen:
1. Hubungan Awal: Mataram Islam, Ki Singapatra, dan Ki Badranala
Hubungan ini membentuk fondasi awal berdirinya trah penguasa di Panjer (cikal bakal Kebumen):
- Panembahan Senopati (Pendiri Mataram Islam) memiliki putri bernama Roro Pembayun.
- Roro Pembayun menikah dengan Ki Ageng Mangir Wanabaya dan melahirkan Ki Madusena.
- Ki Madusena yang mengungsi ke wilayah Kebumen kemudian menikah dengan Dewi Marjati dan melahirkan Ki Badranala (Bagus Bodronolo).
- Ki Badranala kemudian menikah dengan Endang Patrasari, yang merupakan putri dari Ki Singapatra (penguasa kuno wilayah Panjer). Dari pernikahan inilah keturunan mereka nantinya membentuk Trah Kolopaking.
2. Trah Kolopaking (Penguasa Panjer)
Setelah Ki Badranala berjasa membantu logistik pasukan Sultan Agung dalam penyerangan ke Batavia (1629), ia diangkat menjadi penguasa Panjer. Keturunannya yang memimpin Panjer menggunakan gelar keluarga Kolopaking:
- Ki Badranala + Endang Patrasari memiliki anak bernama Raden Bagus Kertosuto (kelak bergelar Tumenggung Kelapa Aking atau KRT Kolopaking I) dan Raden Bagus Hastrosuto.
- Nama Kolopaking sendiri berasal dari buah kelapa kering (kelapa aking) yang diberikan kepada Sunan Amangkurat I saat beliau mengungsi di wilayah Panjer akibat pemberontakan Trunojoyo (1677). Trah ini memimpin Kebumen selama beberapa generasi.
3. Tokoh Sentral: Pangeran Bumidirja (Asal Usul Nama "Kebumen")
Di era Sunan Amangkurat I, terjadi pergolakan politik di Mataram.
- Pangeran Bumidirja (dikenal juga sebagai Pangeran Mangkubumi atau Ki Bumi) adalah adik dari Sultan Agung Hanyokrokusumo.
- Karena tidak sejalan dengan pemerintahan keponakannya (Amangkurat I), Pangeran Bumidirja memilih meninggalkan kraton pada tahun 1677 dan menyingkir ke arah barat.
- Beliau menetap di tepi Sungai Luk Ula dan mendirikan padepokan. Tempat tinggal Pangeran Bumidirja ini kemudian dikenal oleh masyarakat luas sebagai Kabumian, yang seiring waktu berubah lafal menjadi Kebumen.
4. Trah Arungbinang (Dinasti Baru Kebumen)
Di akhir era Mataram Islam menuju masa perpecahan kerajaan, muncul dinasti baru yang memimpin Kebumen, yaitu Trah Arungbinang yang didirikan oleh Joko Sangrib:
- Joko Sangrib (Tumenggung Arungbinang I) merupakan putra dari Pangeran Puger (Sunan Pakubuwono I dari Mataram). Ibunya adalah adik ipar dari Demang Honggoyudo di Kutowinangun yang masih merupakan garis keturunan Pangeran Bumidirja.
- Berkat jasa besarnya terhadap Keraton Surakarta (termasuk memindahkan keraton Kartasura ke Surakarta dan meredam pemberontakan di Banyumas), Joko Sangrib diangkat menjadi Bupati Nayaka Surakarta dengan gelar Tumenggung Arungbinang I.
- Keturunan dari Trah Arungbinang inilah yang di kemudian hari silih berganti menjadi Bupati Kebumen, bersaing pengaruh dan menandai peralihan kekuasaan dari Trah Kolopaking pasca-Perang Diponegoro.